阮大铖的哥们儿马士英，在南京拥立福王朱由崧为监国，建立了南明的第一个政权，即弘光朝廷。把持弘光朝廷的马士英，让阮大铖担任兵部尚书。

前几年才被复社整得抱头鼠窜的阮大铖，编了一份《蝗蝻录》，公开抓捕以黄宗羲等为首的签署《南都防乱公揭》的文人。

要为光复大明效犬马之劳的黄宗羲，兴致勃勃地直奔南京而来投奔弘光帝，他根本不知道阮大铖要抓捕自己，此番南京之行竟是黄宗羲自投罗网，直接让阮大铖给关了起来。

清军已经入关，很快就打到南京城下，弘光朝廷覆灭，黄宗羲趁乱逃出监牢，回到家乡余姚。

杭州失守后，钱肃乐、张煌言等在浙东兴义兵，拥护鲁王朱以海，在绍兴建立新的南明政府。正在家乡的黄宗羲大受鼓动，和弟弟黄宗炎一起，变卖家产，招募数百义兵，建立“世忠营”，投靠鲁王政权。

浙东义军众志成城，凭借士气和地利，让清军占不到便宜。可惜好景不长，适逢钱塘江大旱，清军趁机进攻，浩浩荡荡渡江，浙东失守，鲁王逃到闽浙沿海。

黄宗羲率领残兵进入四明山，安营扎寨，等待时机企图星火终将燎原。黄宗羲又亲自下山寻找鲁王的消息，临行前反复叮嘱手下大将不得骚扰山里的百姓。

没想到黄宗羲走后，手下人却大肆抢粮，引起民变。山寨被山民半夜焚毁，导致全军覆没，给黄宗羲造成了巨大的打击。

4年后，黄宗羲终于在一个孤岛上找到了鲁王，前去朝见，向他建议反清复明的方略，而早已失去斗志的鲁王流亡闽浙之间，长期在海上漂流，吃着海鲜喝着小酒，哪里还有心思反攻清军。

黄宗羲的计划自然成了纸上空谈。斗争了大半辈子的黄宗羲，彻底心灰意冷。不出两年，鲁王政权瓦解，黄宗羲被清廷追捕，只好隐匿于浙江一带。

从此之后，黄宗羲只在力所能及的范围内，悄悄地营救抗清志士，也曾与钱谦益一起暗中策划军事活动。

1659年，郑成功率领23万联军、8000艘战船，沿着长江北上，可惜功亏一篑，如此大规模的军事行动最终仍以失败告终。

各地抗清运动进入尾声，南明最后一个政权的永历帝朱由榔，被缅甸人擒获，献给清廷，次年被杀。

这一年，黄宗羲50岁了，他觉得自己老了，再也没有精力抗清，决心隐居，年过半百的黄宗羲也结束了他的“游侠”生涯，留在家乡的化安山龙虎草堂读书论道。

黄宗羲突然决定当一个遗民，却引起了很多人的不理解。当时有不少人是因为受到黄宗羲的影响，才参加抗清，不料黄宗羲自己却率先放弃抗清。由此也造成了兄弟、朋友之间的反目成仇。

黄宗羲认为武力推翻清政府已经不可能，那么，只能在文化上对它进行改造，要培训出一批学生，通过科举考试进入统治机构发挥作用。这种想法，却没有得到弟弟们的理解。自从黄宗羲办书院后，他们就很少出现在黄宗羲身边了。

吕留良曾是一位很有前途的年轻人，因为受到黄宗羲的影响而放弃了清廷的科举。正当吕留良想在反清事业中大展拳脚的时候，黄宗羲却开始教育子弟参加科举。他因此大骂黄宗羲，两人最终分道扬镳。

康熙三十四年（1695），86岁的黄宗羲病逝。在此之前，他的长子和次子，还有无数志同道合的友人早已离世。

人去世之后，一般都会穿上寿衣，放到木制棺材里下葬。黄宗羲却希望自己死后将头发散开，盖上一条单被，放在一个石头棺材里裸葬。尸体不穿寿衣，放在石棺里很容易因虫蚁啃噬而迅速腐烂，这种下葬的方法就大大违背了当时的风俗。

其实，黄宗羲之所以如此，是为了求得死后尸骨速朽。亡国之恨，一直缠绕在他的心头，所以他要散发，不再绑辫子；所以他要裸葬，而不穿满族的异族寿衣；所以他要躺在石棺里，期待迅速腐烂。